两家公司，同一个产品，只想做一个CE证书，可以吗？

根据欧洲法规，CE证书是针对产品而非公司的。通常情况下，每个产品只需要一个CE证书以确保符合欧洲的安全和质量标准。在您的情况下，由于是同一种产品，只需要一个CE证书。

CE证书上的生产商应该是实际生产产品的公司，即A公司。持证人一般应该是销售产品的公司，即B公司。因此，您可以在CE证书上将持证人写为B公司，生产商写为A公司。

对于甲和乙客户的清关，只要B公司能够提供正确的CE证书给欧洲海关，符合安全和质量标准，通常而言是不会有问题的。清关过程中，欧洲海关更关注产品本身是否合规，而不太考虑具体的合作关系和公司之间的细节。但是，在具体操作前，建议您与甲乙双方客户及相关的专业人士进行进一步协商和确认。