中日贸易的商品结构特点主要表现在：
食品和农业原料所占的贸易比例是逐渐下降的，一方面由于科技进步能实现用有限的耕种土地来满足更多人对食物供应量和食物品质的需要，还有就是随着国民经济的增长带动了国民收入的提高，降低了国民的恩格尔系数，提升了整个国民的消费结构；再有农业和食品业都是国家的战略储备和未来经济发展的基础，出于国家战略对其进行战略性的贸易限制也是有必要的；最后就是两国出于对国民利益和国家乃至世界安全而出台的对农业的保护政策和严格的农产品出口条例限制了两国在农业和食品行业的互有往来和进一步合作；矿石和金属贸易多年来双方保持积极合作，符合了贸易互通有无、提高投入产出效率和增加国民的整体福利的初衷。因为地理自然因素是两国无法通过非战争因素能逾越的障碍，再来中日两国的这种互利又是其他国家的无法比拟的地理位置毗邻所带来的，同时加上科技进步对采掘、运输、报关等方面的改进大大提高了贸易效率、降低了交易成本和避免了寻租行为，才酝酿了现有的优势局面。
中国对日本多年的贸易逆差也是由于制成品领域的贸易逆差所产生的。这种局面的产生一方面由于两国对同种产品需求等级差异，两国在同种产品上不仅没有产生竞争和排挤，反而能够共生存在；再有就是两国在不同制成品上的科技水平和实用价值不同，使不同领域衡量到实用特点和成本的关系后做出了互利的贸易行为，最后就是制造业的等级差距和产业梯度关系，是这样互通有无的贸易行为得以维持和延续：服务业商品的贸易不活跃且此种局面长期保持没有改观。中国经济发展现状决定了当前的产业结构，产业结构升级不是短时间能完成和实现的，其需要经济的进一步发展和社会分工的精细化。正是中国服务业现有的发展现状决定了中日服务商品贸易的惨淡，也决定了中国短时间内不能彻底消化吸收国际服务业的现状。
中日贸易现有的蓬勃局面也存在着如下几个特点：
第一，两国贸易因自然资源的互补而存在相应互补。中国地大物博是矿产和金属资源蕴藏丰富的国家，日本是海上岛国自身资源不足，主要是蕴藏量严重不足，但是在日本的矿藏中，煤、石灰石、硫磺以及铜、铋等的蕴藏量却较大，其中铜的蕴藏量和开采量都居前列，铜矿区达2000余个加上日本在采掘效率和生产率上的优势，是日本矿产和金属方面的主要贸易对象，而日本国内虽有大概87亿吨的煤储量，但三分之二位于海域存在着大量的瓦斯和水分，开采费用昂贵不经济成了制约经济快速发展的瓶颈，中国的煤产量维持着高产出率又很好的弥补了日本经济的需要，两国互惠互利，类似的自然资源互补贸易还很多，充分体现了两国的共赢；
第二，人力资源的互补性带动贸易上的紧密关联。虽然两国的服务类贸易额低发展态势缓慢，但是中日之间的劳务派工却一直是该行业重要组成部分和产值贡献点，中国人工众多有着大量熟练工资低廉的工人和承载着中国优秀传统文化的技工，而日本则以其制造业技术工人和结构精算工程师闻名世界，两国在人力资源上的劳务派遣成为了文化、经济的传动带；
第三，贸易与市场的互补。中国地域广大人口众多是世界各国都期待打开的世界性的市场，日本当然不会错过这样的机会把其成熟且物美价廉的制成品和服务理念传送过来，而日本在幕府时期就对中国的茶文化、丝绸文化、陶瓷文化和佛道文化充满敬仰并利用朝奉制度维持着这样的交流，其实就是早期的贸易形式。
日本是世界上著名的贸易保护国家，走进日本国的大小超市，无处不见各种国产字样，对于这种国家，外贸企业开发起来，是需要下足苦工的。