尽管我国花卉产业已经形成一批农业产业化龙头企业，成就了众多的花卉出口企业，但进行花卉生产的主体大多还是从事花卉生产的农户或被称为花卉种植专业户，并且这一现象将会持续一段时间，在短时间内不会有太大的改变。花农本身由于资金、土地、技术等资源要素的缺乏，没有能力成立企业进行花卉生产，再加上本身思想、觉悟的局限性，使得在花卉生产和经营上表现出盲目性和从众心理，做出的决策也因对市场反应的滞后性产生错误判断。较低的产业化程度，使企业或花农在遇到花卉市场剧烈动荡或大的经济波动时，花卉出口很难维持下去。
我国花卉产业的发展虽然历史悠久、在花卉种植方面有独特的条件，但从目前发展现状来看，我国花卉产业的产业链较短，甚至就没有形成产业链，更不用说延伸产业链了。我国花卉产业的产业链可以简单的描绘成或历史地停留在“花卉培育种植一产品销售”的模式，这个模式是比较传统的生产、加工模式，没有发挥花卉产业作为特色产业的产业链功能；而且我国花卉市场的销售模式往往比较固定，在种植区多以田间地头和散户销售，延误了最佳的销售时间，降低了收益。花卉生产过程包含花种选择、花卉种植、产品包装、运输、冷藏及销售等环节，就会涉及到多个相关产业，如种子产业、包装产业、物流产业。这些产业在花卉产业的产业链条上都影响着花卉产业的生产和销售。而我国花卉产业链没有得到延伸，不能把各个环节联系起来，不能与相关产业进行有效合作，只是机械性的进行花卉的生产、加工和销售。花卉产品出口企业靠国外订单来维系生产，企业的这种经营渠道方式受市场控制程度高，对国外市场依赖性程度高，就存在生产经营后遗症。
对我国花卉龙头企业也是一样，培育不出科技含量高的名贵花卉，满足不了国外对高端市场花卉产品的消费，花卉产品的价值就上不了一个较高的台阶。而对于依靠在自有或租赁土地上生产经营的花农来说，因技术设备、专业技能的不足，更没有能力进行花卉栽培和培育方面的突破，所生产的花卉产品大多数情况下不能达到出口的标准，花农增收的可能性很小。花卉产品生产期间的病虫危害是非常严重的，最常见的虫害有红蜘蛛、菜青虫、夜蛾幼虫等，病害包括白粉病、锈病、根肿病、斑驳病毒病等，这对花卉出口是最大的问题。一旦染上这些虫害、病害，在出口检验检疫和他国海关验关时就会遇到诸多麻烦，对玫瑰、洋兰等产品出口影响巨大，降低产品的实有出口率。因此，就需要采用一定的技术祛除病虫害，以提高鲜活花卉产品的成活率和延长其保质期。
一些国家如日本、荷兰等在进口中国花卉产品时，要求中方企业出具植物检疫证、植物熏蒸证等，目的是为了控制花卉病虫害的传播。花卉产品的熏蒸需要对熏蒸药物、温度、时间要求都比较高，不然就会影响花卉的质量。而中国除了一些地方有专业的熏蒸场地、设备和专业熏蒸人员以外，多数口岸并不能完全能解决花卉病虫害问题，这就使得出口到某些国家的花卉产品必须降价处理，大大降低了出口效益。
对于花卉产业出口，绿色贸易壁垒和知识产权壁垒最为影响花卉产业的出口。花卉进口国以保护自然环境、居民健康、生态环境为借口，制定严格的环保技术标准、包装规格、卫生检疫制度等限制花卉产品的进口，以此起到对本国花卉产业的保护。而知识产权壁垒则因中国花卉产业在新品种产权保护方面的意识不强、对新产品产权保护不力，使花卉出口遭遇产权归属争端，就产生侵权行为的发生。这两种壁垒给缺乏应对国际贸易经验的我国部分花卉企业出口造成了巨大损失。