来料和进料跟一般贸易上有什么区别啊！

来料是没有退税的，怎么还能凭税务局出具的免税证明抵扣了。。

来料是没有退税的，具体法是出口以后，凭税务局出具《免税证明》抵扣。
进料的进口环节是要征关税和增值税的，所以在进料出口的时候，可以退这一部分增值税.
至于申报表中填列，个人理解是进料只退进口时交到海关的增值税消费税，那么在海关缴款书来时已作进项税进行了抵扣，已在应纳税中视同退税了，免抵退情况只要填列一般贸易发生的业务。