运费要收关税的吗

我有个韩国的客户，需要我们提供中韩FTA CO给他们，不过提供这个证明，我们的货就必须要在中国境内进行报关处理，不能从香港出货。那么问题来了，我们做给客户的一直是exw 条款，之前我们一直都是提供没有包含运费的CI 给客户和货代的，可是现在我们的经理说我们提供的CI 一定要加运费上去，条款就变为CFR了，不然就会跟我们公司提供的报关资料不一致了。不过我们这样做之后，韩国客户那边就有意见了，他们认为我们公司将运费也加上去，这是不合理的，他们公司不应该为运费承担额外的税费。他们交的税只应该是货物的价值。其实我也觉得是这样的，我们不能将运费分摊在货物的单价上，让客户支付除了货值之外的关税和增值税。
请问有没有遇到过同样问题的，麻烦各位指点下。