退税和增值税问题

根据你的描述，如果报关单中的第3项增值税金额大于实际报关金额，这可能会引起海关的关注。海关可能会要求补交差额的增值税，并且这可能会对你们的退税产生影响。

退税是指在货物出口后，根据相关政策和程序，向海关申请将已交纳的增值税退还给出口商的一项政策措施。如果你们的货物没有退税率，那么说明该商品在出口时无法获得退税。这也意味着即使在报关单中增值税金额大于实际报关金额，这并不会对退税产生影响，因为你们本来就没有资格获得退税。

建议你与工厂沟通，确保报关金额的准确性。同时，你也可以咨询海关部门或专业的退税机构，了解具体情况并遵循相关法规。