根据EDQM要求，CEP文件申请时必须采用电子文档递交。而且从2017年1月1日起，用户必须首先在欧洲通用信息平台(CESP)注册，注册后通过此平台提交申请材料。电子文档递交的内容主要分为三个模块，分别为模块1、模块2和模块3。模块1主要包括申请表、附言、专家信息（如专家简历等）及其他支持信息，通常采用PDF格式递交；模块2主要包括质量概述部分（简称eQOS），通常采用EDQM网站上提供的PDF格式递交；模块3主要包括CTD的技术文件，通常采用eCTD格式递交。
正常情况下，CEP申请流程是：企业提出申请——EDQM确认（如有缺陷需要企业补充资料）——EDQM评估员评估（如有必要进行现场检查或需要补充资料）——授予CEP证书或拒绝CEP证书。整个申请流程大概需要15个月的时间，企业递交申请后，EDQM在确认收到新的、一次性的、有效的档案后5个月内通知申请人评估结果，并要求申请人在6个月内对初次补充的要求进行回复，此后，EDQM在4个月内对回复进行评估。
目前，绝大多数的COS证书都是在经过现场检查之后获得的。因此，企业一旦进行了COS申请，无论是否准备好，都将有可能接到现场检查的通知。
检查人员组成（检查要求）
非无菌原料药现场检查的法规依据为ICH Q7。对于无菌原料药ICH Q7只适用于无菌活性药用成份无菌生产之前的生产过程。该指南不适用于无菌原料药的灭菌和无菌生产，此时必须执行药品GMP（委员会法规Directive 2003/94/EC, 2003年10月8日生效，是人用药品和开发人用药品GMP指南和基本原则）。
COS的现场检查组通常由3～4人组成，检查组成员通常是1人来自EDQM，另外2～3人来自EEA成员国或者MRA签约国的检查员。同时会邀请当地的一个检查员陪同检查。
如何准备现场检查及迎检技巧
目前，EDQM一般都会提前与工厂联系，告知工厂将要对现场进行检查（有一个大概的日期范围）。具体日期由工厂自行确定。工厂与EDQM如何沟通及相关费用问题再在此不再赘述，下面重点谈一下工厂如何准备现场检查。
在检查前公司应避免出现干预生产、建造围墙、油漆粉刷厂房与设施、到处粘帖新标签、更换所有的基础设施、起草新规程并更新旧的规程、聘请新员工等工作。因为GMP检查虽然是有检查日期，但其实检查员更关注的是企业的日常管理，任何可能影响生产管理的变化都会引起检查员的格外关注，因此，工厂在检查前的任何变更都要进行充分的评估。
检查员在现场首次会议后提供一份检查计划，列出要现场查看的区域和文件范围。但此检查清单只能作为参考，在实际检查中检查员会随时更改检查计划。当EDQM检查员进行工厂巡查时，检察官可以偏离日程表和建议的方向，如果他们认为是和检查范围相关的，可以要求进入任何区域，并直接向生产操作中的员工提问，他们会使用数码相机作为辅助工具，记录设施GPS坐标等。因此现场一定不能出现任何违背GMP管理的物品，包括放在垃圾桶中的物品。
当EDQM检查员进行文件审核时，需要公司为检查官准备好所有的GMP相关文件（核心文件在检查日程中提到），尽可能快地提供要求的文件、确保合适的员工出席、保证及时回答问题，保证记录文件和操作文件在规定的位置。检查员会检查生产工艺、规格标准、分析方法与所提交的认证档案符合性、并检查任何原始数据等，如有必要，可要求财务提供相关文件。
另外还有几方面要注意，COS虽然是GMP合规性检查，近年来检查员除了关注环保和安全外，也会关注一些社会责任方面的问题，因此现场不能出现任何对违规进行罚款的文字存在。在检查过程中要安排专人记录检查员所提出的所有问题及工厂的回答，以便在整改时能准确的查找问题提出针对性的回复。由于现在的检查都是指定的翻译人员，在检查过程中切忌不要在检查员面前讨论任何审计问题，以免带来不必要的麻烦。在审计前要对员工做好充分的培训，列出可能存在的现场突发事件，做好预案。对于实在无法回答的问题可以通过报偏差等措施进行回复。
